Le Département des affaires politiques suit de prés l'évolution de la situation politique dans le monde musulman en général et supervise les relations avec les pays non membres de l'OCI et avec les autres organisations internationales et régionales. Le département est chargé en particulier de la gestion des dossiers afférentes à la promotion de la médiation, la prévention et la résolution des conflits, la gestion des crises dans les États membres et la contribution aux initiatives de consolidation de la paix, conformément aux résolutions adoptées par le Sommet islamique et par le Conseils des ministres des Affaires étrangères. Il est également impliqué dans l'institutionnalisation de la bonne gouvernance dans les États membres à travers l’observation des élections et des pratiques démocratiques. La lutte contre le terrorisme international et les diverses autres questions politiques internationales et régionales sont également des tâches importantes qui incombent au département. En outre, le département des affaires politiques est chargé d'assurer le suivi de toutes les questions touchant les minorités et communautés musulmanes dans les États non-membres de l’OCI.