يعتبر ديوان الأمين العام خط الدفاع الأول والأخير عن جميع ما يصدر من الأمانة العامة سواء بتوقيع الأمين العام أو الأمناء العامين المساعدين، وكذلك كل ما يصل للأمانة العامة من الخارج، وهو يمثل عنق الزجاجة في العمل اليومي حيث لا تصل أية وثيقة أو تعليمات من خارج المنظمة إلى أي من إدارات الأمانة العامة إلا بعد مرورها على الديوان، ولا يصدر من الأمانة العامة أية وثيقة إلا بعد مرورها بالديوان، كما أن المذكرات البينية بين الإدارات تصدر من خلاله.
وفقاً للقاعدة 5 من النظام الداخلي للأمانة العامة لمنظمة التعاون الإسلامي، يتولى ديوان الأمين العام المهام التالية:
1. شؤون مؤتمرات المنظمة، واجتماعاتها، وإعداد الصيغة النهائية لتقارير الأمين العام.
2. متابعة أعمال الإدارات العامة والتنسيق بينها.
3. التنسيق مع الأجهزة المتفرعة.
4. متابعة نشاط المنظمات غير الحكومية والتنسيق معها.
5. شؤون المراسم والاتصال، وما يتعلق منها بالامتيازات وحصانات المنظمة.
6. السكرتارية الخاصة.
يقوم الديوان بتوجيه المراسلات والوثائق الواردة إلى الإدارات والأشخاص المعنيين، ويحيط معالي الأمين العام بالمهم منها، كما أنه يراجع جميع الوثائق والمراسلات التي تصدر، ويتأكد من الآتي:
1. مدى التزام الوثائق أو المراسلات بقواعد الإجراءات وعدم مخالفتها للقرارات المرجعية وعدم تعارضها مع توجيهات أو قرارات سابقة.
2. التأكد من السند النظامي لأي وثيقة وأنها قد حصلت على الموافقة اللازمة من صاحب الصلاحية.
3. التأكد من التزام الوثائق والقرارات والمراسلات والعقود الصادرة بالنظام وعدم مخالفتها له.
4. سلامة اللغة المستخدمة.
5. صحة وسلامة معلومات الجهة المخاطبة.
6. دقة الأرقام والتواريخ.
7. مراعاة الحساسية السياسية.
يشرف على ديوان الأمين العام مدير عام الديوان وكبير المستشارين:
* وهو بحكم منصبه أهم مسؤول بعد الأمين العام، ومنوط به صلاحيات تنفيذية واسعة يفوضها له الأمين العام الذي يعمل نيابة عنه مباشرة، ويتخذ قرارات مهمة فيما يتعلق بعمل جميع الإدارات التي تقع تحت إشرافه المباشر وسلطته. وهي: الإعلام، والشؤون القانونية، والمؤتمرات، وتكنولوجيا المعلومات، والمراسم، والعلاقات العامة، ومكتب الضبط.
* كما يشرف مدير عام الديوان على المكاتب الخارجية للمنظمة، السياسية منها (نيويورك، وجنيف، وبروكسل، وبغداد)، والإنسانية (النيجر، وأفغانستان، والصومال، وفلسطين)، بينما يقع تنسيق سير عمل هذه المكاتب ضمن اختصاص الإدارات المعنية في الأمانة العامة.
* يقوم مدير عام الديوان بالتنسيق والإشراف على العمل اليومي للديوان، ويساعده العديد من المستشارين، والموظفين التخصصين، والإداريين، بالإضافة إلى السكرتارية.
* كما يقوم الديوان بالتنسيق مع مؤسسات منظمة التعاون الإسلامي (المتفرعة، والمتخصصة، والمنتمية) ويتولى تنسيق عمل هذه المؤسسات فيما يتعلق بالإدارات ذات الصلة في الأمانة العامة وضمان توافقها مع الإطار القانوني الذي يحكم عملها. وينظم اجتماعها السنوي. ويرأس مدير عام الديوان عدداً من اللجان ومن أهمها لجنة التحضير لمؤتمر القمة، والاجتماع السنوي لوزراء الخارجية، والاجتماع التنسيقي لوزراء الخارجية على هامش اجتماعات الجمعية العامة للأمم المتحدة.
يشرف مدير عام الديوان وكبير المستشارين على الإدارات المرتبطة بالديوان:
1. إدارة الإعلام.
2. إدارة المراسم.
3. إدارة المؤتمرات.
4. الإدارة القانونية.
5. إدارة تقنية المعلومات.
6. مكتب الضبط.
7. المراجع الداخلي.
8. مركز صوت الحكمة.
9. برنامج عمل المنظمة العشري.